Large-scale neuroanatomical study uncovers 198 gene associations in mouse brain morphogenesis.

Brain morphogenesis is an important process contributing to higher-order cognition, however our knowledge about its biological basis is largely incomplete. Here we analyze 118 neuroanatomical parameters in 1,566 mutant mouse lines and identify 198 genes whose disruptions yield NeuroAnatomical Phenotypes (NAPs), mostly affecting structures implicated in brain connectivity. Groups of functionally similar NAP genes participate in pathways involving the cytoskeleton, the cell cycle and the synapse, display distinct fetal and postnatal brain expression dynamics and importantly, their disruption can yield convergent phenotypic patterns. 17% of human unique orthologues of mouse NAP genes are known loci for cognitive dysfunction. The remaining 83% constitute a vast pool of genes newly implicated in brain architecture, providing the largest study of mouse NAP genes and pathways. This offers a complementary resource to human genetic studies and predict that many more genes could be involved in mammalian brain morphogenesis

Gestion du compromis entre la performance et la précision de code de calcul

Les nombres à virgule flottante ne représentent qu'un sous-ensemble des nombres réels. De ce fait, l'arithmétique à virgule flottante introduit des approximations qui sont susceptibles de se cumuler et d'avoir un impact significatif sur les simulations numériques.Nous introduisons une nouvelle façon d'estimer et de localiser les sources d'erreur numérique dans une application et fournissons une implémentation de référence, la bibliothèque Shaman. Notre méthode utilise une arithmétique dédiée sur un type qui encapsule à la fois le résultat des calculs (identique à la version non instrumentée du code) et une approximation de son erreur numérique.Nous pouvons ainsi mesurer le nombre de chiffres significatifs de tout résultat ou résultat intermédiaire dans une simulation. Nous montrons que notre approche, bien que simple, donne des résultats compétitifs avec l'état de l'art. Qui plus est, elle a un surcoût en temps de calcul moins important et est compatible avec le parallélisme, ce qui la rend appropriée pour l'étude de larges applications.Floating-point numbers represent only a subset of real numbers. As such, floating-point arithmetic introduces approximations that can compound and have a significant impact on numerical simulations.We introduce a new way to estimate and localize the sources of numerical error in an application and provide a reference implementation, the Shaman library.Our method uses a dedicated arithmetic over a type that encapsulates both the result the user would have had with the original computation and an approximation of its numerical error. We thus can measure the number of significant digits of any result or intermediate result in a simulation.We show that this approach, while simple, gives results competitive with state-of-the-art methods. It has a smaller overhead and is compatible with parallelism which makes it suitable for the study of large scale applications

Compromis entre précision et performance dans le calcul haute performance.

Floating-point numbers represent only a subset of real numbers.As such, floating-point arithmetic introduces approximations that can compound and have a significant impact on numerical simulations. We introduce a new way to estimate and localize the sources of numerical error in an application and provide a reference implementation, the Shaman library.Our method uses a dedicated arithmetic over a type that encapsulates both the result the user would have had with the original computation and an approximation of its numerical error. We thus can measure the number of significant digits of any result or intermediate result in a simulation.We show that this approach, while simple, gives results competitive with state-of-the-art methods. It has a smaller overhead and is compatible with parallelism which makes it suitable for the study of large scale applications.Les nombres à virgule flottante ne représentent qu'un sous-ensemble des nombres réels.De ce fait, l'arithmétique à virgule flottante introduit des approximations qui sont susceptibles de se cumuler et d'avoir un impact significatif sur les simulations numériques. Nous introduisons une nouvelle façon d'estimer et de localiser les sources d'erreur numérique dans une application et fournissons une implémentation de référence, la bibliothèque Shaman.Notre méthode utilise une arithmétique dédiée sur un type qui encapsule à la fois le résultat des calculs (identique à la version non instrumentée du code) et une approximation de son erreur numérique. Nous pouvons ainsi mesurer le nombre de chiffres significatifs de tout résultat ou résultat intermédiaire dans une simulation.Nous montrons que notre approche, bien que simple, donne des résultats compétitifs avec l'état de l'art.Qui plus est, elle a un surcoût en temps de calcul moins important et est compatible avec le parallélisme, ce qui la rend appropriée pour l'étude de larges applications

Managing the compromise between performance and accuracy in simulation codes

Floating-point numbers represent only a subset of real numbers. As such, floating-point arithmetic introduces approximations that can compound and have a significant impact on numerical simulations.We introduce a new way to estimate and localize the sources of numerical error in an application and provide a reference implementation, the Shaman library.Our method uses a dedicated arithmetic over a type that encapsulates both the result the user would have had with the original computation and an approximation of its numerical error. We thus can measure the number of significant digits of any result or intermediate result in a simulation.We show that this approach, while simple, gives results competitive with state-of-the-art methods. It has a smaller overhead and is compatible with parallelism which makes it suitable for the study of large scale applications.Les nombres à virgule flottante ne représentent qu'un sous-ensemble des nombres réels. De ce fait, l'arithmétique à virgule flottante introduit des approximations qui sont susceptibles de se cumuler et d'avoir un impact significatif sur les simulations numériques.Nous introduisons une nouvelle façon d'estimer et de localiser les sources d'erreur numérique dans une application et fournissons une implémentation de référence, la bibliothèque Shaman. Notre méthode utilise une arithmétique dédiée sur un type qui encapsule à la fois le résultat des calculs (identique à la version non instrumentée du code) et une approximation de son erreur numérique.Nous pouvons ainsi mesurer le nombre de chiffres significatifs de tout résultat ou résultat intermédiaire dans une simulation. Nous montrons que notre approche, bien que simple, donne des résultats compétitifs avec l'état de l'art. Qui plus est, elle a un surcoût en temps de calcul moins important et est compatible avec le parallélisme, ce qui la rend appropriée pour l'étude de larges applications